سيد مصطفي خميني در آذر 1309 شمسي، در قم متولد شد. در سال 1316 شمسي تحصيل را شروع كرد و دوران ابتدايى را در مدرسه‌هاى «باقريه» و «سنايى» قم در سال 1323 - 1324 به پايان رساند.
وي در همين سال تحصيل علوم ديني را شروع كرد و از محضر اساتيدي چون آيات عظام حجت، بروجردى، محقق داماد، امام خمينى، شاهرودى، خويى، محمد باقر زنجانى، سيد محسن حكيم، فكور يزدى، والد محقق، علامه طباطبايى، رفيعى قزوينى، سلطاني و حائري كسب فيض كرد.
وي بعد از شش سال تحصيل در 22 سالگى حدود سال 1330 ش به دوره تخصصى ( خارج حوزه ) خارج اصول و فقه وارد شده و در فقه و اصول از اساتيد متعددي بهره برد.
آيت الله ابطحى كاشانى از ياران شهيد ، درباره علاقه و هوش سرشار ايشان به درس مى گويد: خصوصيتى كه در شهيد حاج آقا مصطفى سراغ داشتيم ، اين بود كه از همان اول حالت تعبد نسبت به مطالب علمى نداشت؛ يعنى مثلاً اگر شيخ انصارى يا هر بزرگوارى مطلبى را گفته است سر بسته نمى پذيرفت ، بلكه مانند امام در مقام تجزيه و تحليل بر مى آمد و مى توان گفت از همان اوايل روح اجتهاد داشت و همين هم باعث ترقى او شد.
امام خميني از او به عنوان شخصي خدمتگذار و سودمند براي اسلام و مسليمن ياد كرد و آيه الله بهاء الدينى نيز در مقام علمي آن شهيد تاكيد كرد: آيت الله حاج آقا مصطفى خمينى ، دانش هاى عقلى و نقلى ، سياست اسلامى و دينى را در جوانى ياد گرفته و به جايى رسيده بود كه از نخبگان زمان ما ، بلكه عصرها و زمانها بود. درست گفتار و نيك سيرت بود، با كمال زيركى و هوشيارى به نفوس ، آگاهى داشت ، در انقلاب اسلامى و حوادث آن نقش بسيار ارزنده اى داشت ... فرزند امام بود ، بلكه خود ، امامى بود ، بلكه پدرى مثل امام داشت.
مقام معظم رهبرى مرحوم سيد مصطفى خمينى را يكى از شخصيت هاى بالقوه و بالفعل اسلام دانسته و تاكيد كردند: روزى كه ايشان شهيد شدند، در حدود سنين 48 - 47 سالگى بودند و در آن سن جزء ممتازين كسانى بود كه در حوزه هاى علميه قم ، نجف ، مشهد و... وجود داشت، بنده ايشان را به عنوان يك چهره برجسته حوزه علميه قم از سالهاى قبل مى شناختم.
از آيت الله شهيد مصطفي خميني تاليفات گرانقدري به يادگار مانده است كه مهمترين آنها عبارتند از؛
القواعد الحكميه( حاشيه بر اسفار)، كتاب البيع ( دوره كامل مباحث استدلالى بيع در سه جلد)، مكاسب محرمه( در دو جلد) مبحث اجاره، مستند تحرير الوسيله، تعليقه اى بر عروه الوثقى، تفسير القرآن الكريم ( در چهار چلد، نا تمام )، تحريرات فى الاصول( از اول اصول تا استصحاب تعليقى)، شرح زندگانى ائمه معصومين عليهم السلام، تا زندگانى امام حسين عليه السلام )، كتاب الاصول، القواعد الرجاليه، كتابى در مبحث نكاح، حاشيه بر شرح هدايه ملا صدرا، حاشيه بر مبداء و معاد ملا صدرا، حواشى بر وسيله النجاه سيد ابو الحسن اصفهانى، تطبيق هيئت جديد بر هيئت نجوم اسلامى و حاشيه بر خاتمه مستدرك

دوران مبارزات

شهيد در سال 1341، همراه با امام راحل به مبارزه با رژيم برخاست و در پيشبرد نهضت اسلامي نقش به سزايي ايفا كرد. در سال 1342، در دوراني كه امام قدس سره در قيطريه تهران زير نظر بودند، رئيس وقت شهرباني كل كشور (سپهبد نصيري) او را به شهرباني جلب و هشدار داد كه اگر از فعاليت هاي سياسي و مبارزاتي دست نكشد، تحت پيگرد قرار مي گيرد. امام در روز چهارم آبان 1343، عليه لايحه كاپيتولاسيون سخنراني كردند و در تاريخ 13 آبان همان سال امام قدس سره را شبانه دستگير و به تركيه تبعيد كردند. حاج سيد مصطفي با برآشفتگي به خيابان آمد و با مردم خشمناك از اقدام رژيم در قم، به طرف بيوت آيات عظام به راهپيماي هدايت كرد. مردم در اين اجتماع خودجوش از مراجع وقت خواستار اقدام براي آزادي امام قدس سره شدند. با اين اقدام، ساواك دستور جلب مرحوم سيد مصطفي خميني را به شهرباني قم صادر كرد. مأموران رژيم زماني كه حاج آقا مصطفي در بيتِ آيت الله مرعشي نجفي در حال گفتگو با ايشان بود، دستگير كردند و مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادي زنداني كردند. در تاريخ 8 دي 1343، از زندان آزاد و در 13 دي كه تنها پنچ روز از آزادي او مي گذشت، به دنبال استقبال چشمگير مردم از وي، مأموران رژيم به خانه او در قم يورش بردند و بار ديگر او را دستگير كرده و در روز 14دي او را از ايران به تركيه تبعيد كردند.
مرحوم مصطفى خميني يك سال در شهر بورساى تركيه به حالت تبعيد ماند اما باز آرام ننشسته و سعى در بازگشت به ايران كرد و با رئيس سازمان امنيت بورسا در اين زمينه اقدام به گفتگو كرد تا در مورد بازگشتش به ايران با نصيرى گفتگو كند. نصيري شرط حضور شهيد مصطفي خميني را ماندن در خانه‌اي روستايى و عدم ارتباط با انقلابيون اعلام كرد كه با عدم موافقت شهيد، وي به همراه امام در تبعيد ماند.
حاج مصطفى خميني همراه پدر بزرگوارش سه شنبه 13 مهر ماه 44 ش از تركيه به عراق تبعيد شد و آنها در روز جمعه 23 مهر 44 وارد نجف اشرف شدند.
حاج آقا مصطفى در عراق نيز از مبارزه دست نكشيد و به دنبال اوج گيرى نهضت رهايى بخش فلسطين ، تلاش فوق العاده به عمل آورد كه برادران روحانى خارج از كشور به پايگاههاى فلسطين بروند و در آن جا دوره ببينند ، وي حتي خود تحت آموزش‌هاي نظامي قرار گرفت. فعاليتهاى آن شهيد سبب شد كه در 21 خرداد 1348 ش، رئيس جمهور وقت عراق (حسن البكر) به او هشدار داد كه اگر مردم را بر ضد اين رژيم تحريك كنيد و با مخالفان رژيم عراق روابط داشته باشيد ناچار تصميمى درباره آنان مى گيريم كه موجب ناراحتى پدرتان شود و جالب اين كه همين تهديد را سپهبد نصيرى در سال 1342 ش كرده بود.
مرحوم مصطفي خميني حضور فعالانه در عرصه علوم ديني درحوزه علميه نجف داشت. زمـانـى كه وارد حوزه علميه نجف شد، از يك سـو بـه طـور جدى به تدريس اشتغال داشت و از سوى ديگر به نگارش اهميت ويژه مـى‌داد
حاج سيد مصطفى در نجف بنا به پيشنهاد بعضى از دوستان به تدريس خارج پرداخت. درس خـارج وي روز بـه روز رونق بيشترى مى‌گرفت. بسيارى از فضلا درس خارج اين شهيد را به لحاظ شيوه تدريس و بيان شيواى او بر ساير درس ها ترجيح مى دادند. شـهـيـد سيد مصطفى بر مسائل فقه و اصول، كلام و فلسفه كاملا مسلط بود بـلكه در هر يك از موضوعات علوم منقول و معقول صاحب نظر بـود. از آن جـايـى كـه حـاج آقا مصطفى به مباحث علمى اهميت زيادى مى داد، هـر فـرصتى را مغتنم مى شمرد و از آن براى طرح مسائل علمى استفـاده مى كرد، زيرا هميشه در انديشه ارتقاى سطح علمى خود، دوسـتـان و ياران امام بود.
مـرحوم حاج آقا مصطفى ميدان دار عرصه نقد اصولى و فقهى و فلسفى بود. او حتى جلسه درس امام با اشـكـالات متعدد ايشان رونق خاصى داشت، آرا و نظريه هاى پدرش را نقد مى كرد و پدر نيز به نقد او پاسخي محكم مي‌داد.
حاج آقا مصطفى از اين تاريخ تا زمان شهادت همواره در كنار امام و در نـجـف بـود و هر روز كه از اقامت آنان در نجف مى گذشت، بر شـوكت و ابهت و همچنين ارزش علمى و اجتماعى آنان افزوده مى شد و مـردم ايران آنان را بيشتر و بهتر مى شناختند و مبارزه جدى تر مى‌شد.
او مهمترين وظيفه خود را در حفظ امام مي‌دانست و همواره مي‌كوشـيـد تـا پـدرش را در مـقابل دشمنى ها و توطئه هاى گوناگون داخلـى و خـارجى حفظ كند. ايشان در مدت حضورش در نجف با كانون هـا و گـروه هـاى مبارز داخلى و خارجى ارتباط داشت و رابط آنان بـا امام بود. وى در اين راستا وظيفه خود را به نحو احسن انجام داد.

*شهادت

مرحوم حاج مصطفي خميني از آغاز فعاليت‌هاي سياسي همواره مورد تهديد نيروهاي امنيتي قرار داشت و با توجه به تلاش گسترده او جهت زنده نگهداشتن نهضت امام خميني در ايران و عراق، از سوي مقامات ايراني و عراقي شديداً مورد توبيخ قرار گرفت. به همين جهت زماني كه درگذشت ايشان منتشر شد براي هيچ يك از انقلابيون قابل قبول نبود كه فوت وي به صورت طبيعي اتفاق افتاده باشد، مضاف بر اينكه تا آن زمان نشاني از بيماري‌ جدي در او ديده نمي‌شد.
يكي از اولين كساني كه از شهادت مرحوم حاج مصطفي مطلع شد سيد محمود دعايي بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سيد مصطفي خميني را چنين شرح مي‌دهد؛
آن روز صبح، من براى تهيه نان بيرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، ديدم، ننه صغرى كه بسيار مورد احـتـرام ما بود؛ فرياد مى كشد و پاى برهنه مى دود و به سرش مى زنـد. من از ديدن اين صحنه بسيار متأثر شدم. پيرزن مى گفت: خاك بر سرم شد، آقا بدو. من فوق العاده وحشت زده شدم و به ذهنم چيز ديگرى آمد. گفتم؛ چى شده؟ گفت: آقا مصطفى مريض است. سراسيمه رفتم ديدم كه آن مرحوم پشت سجاده شان دراز كشيده‌اند.
ابتدا بسيار تلاش كردم با پزشكان بيمارستان نجف تماس بگيرم ولى ايـن توفيق را نداشتم، بلافاصله خود را به بيمارستان رساندم، آن هـا آن قـدر آمـادگى نداشتند كه يك آمبولانس بفرستند، اين لحظات بـراى مـن بـسـيـار سخت مى گذشت. آن جا تصميم گرفتم اين خبر را بـدون ايـن كـه ايجاد وحشت و نگرانى كند به منزل امام برسانم ـ ايـن طـور خبرها را بايد خيلى حساب شده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبه اى آن جا بود، به او گفتم: به منزل امام مـى روى و فـقـط احمدآقا را خبر مى كنى و مى گويى خيلى فورى به مـنزل اخوى سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـديم با يك تاكسى كه به زحمت مى توانست به كوچه بيايد، ايـشـان را بـه بـيمارستانى منتقل كنيم. متاسفانه در بيمارستان پـزشـك كشيك پس از معاينات اوليه تشخيص داد ايشان از دنيا رفته اند.
بـا عـلائـمى كه روى پوست بدن وجود داشت، مشخص بود كه مرگ طبيعى نـبـوده است و ناشى از مسموميت مى باشد. در خارج از بيمارستانى كه حاج آقا مصطفى(ره) را به آن جا انتقال داديم، يك ماشين نمره تـهـران بـود كـه پس از شنيدن خبر مرگ ايشان به طرف بغداد حركت كرد. در همان لـحـظـات اوليه كه امام از مرگ فرزند آگاه شده بودند.
بعد از شهادت ايشان امام در پيامي كوتاه، خبر چنين نوشت:

انا لله و انا اليه راجعون

در روز يكشنبه نهم ذى القعده الحرام 1397 مصطفى خمينى, نور بصرم و مـهـجـه قـلبم دار فانى را وداع كرد و به جوار رحمت حق تعالى رهسپار شد.
اللهم ارحمه واغفر له واسكنه الجنه بحق اوليائك الطاهرين عليهم الصلوه والسلام.

بـيـش از دو ماه و اندى از شهادت او نگذشته بود كه جوشش خون او در قـم بـه جـريـان افـتـاد و شـهر خون و قيام را در 19 دى ماه 1356هـ.ش گـلگون ساخت. در اربعين شهداى قم, خون پاك آن شهيد كه بـا خون شهداى قم آميخته شده بود, آذربايجان را فرا گرفت و شهر تـبريز را لاله گون كرد و به تدريج اربعين هايى به دنبال آورد و هـمـه ايـران را فرا گرفت و به سوى كاخ ها پيش تاخت و كاخ ها و كـاخ نشينان را در كام خود فرو برد و پيروزى انقلاب اسلامى را به ارمغان آورد.

مراسم تشييع و تدفين

نـماز را آيه الله خوئى بر بدن شهيد حاج آقا مصطفى خمينى اقامه كـرد و پـس از تشييع مفصل و باشكوه كه بسيارى از ايرانى ها نيز شـركـت داشـتند, پيكر مطهرش را در حرم امام على(ع) در كنار قبر آيه الله كمپانى اصفهانى به خاك سپردند.